KO66 vận hành thông qua hệ thống website responsive và ứng dụng di động, tích hợp công nghệ mã hóa SSL, cơ chế xác minh tài khoản và quy trình xử lý giao dịch tự động. Các phương thức thanh toán như ngân hàng nội địa, Internet Banking và ví điện tử thường được đề cập trong mô hình vận hành của KO66